A doença de Whipple é uma infecção crônica fatal na ausência de tratamento. Ela normalmente apresenta remissão completa com antibioticoterapia. No entanto, danos irreversíveis ao sistema nervoso central (SNC) ou a articulações podem resultar em problemas persistentes, independentemente da colonização bacteriana. Além disso, uma série de casos da Itália revelou que, embora sejam tratados de maneira efetiva, os pacientes com doença de Whipple apresentam com mais frequência distúrbios infecciosos ou neoplásicos com risco à vida e distúrbios tromboembólicos.[82]Schiepatti A, Nicolardi ML, Marone P, et al. Long-term morbidity and mortality in Whipple's disease: a single-center experience over 20 years. Future Microbiol. 2020 Jul;15:847-54.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32662657?tool=bestpractice.com
Há casos raros de resistência a sulfametoxazol/trimetoprima.[83]Fenollar F, Rolain JM, Alric L, et al. Resistance to trimethoprim/sulfamethoxazole and Tropheryma whipplei. Int J Antimicrob Agents. 2009 Sep;34(3):255-9.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19346107?tool=bestpractice.com
[84]Lagier JC, Fenollar F, Lepidi H, et al. Failure and relapse after treatment with trimethoprim/sulfamethoxazole in classic Whipple's disease. J Antimicrob Chemother. 2010 Sep;65(9):2005-12.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20639526?tool=bestpractice.com
Um tratamento alternativo deve ser usado nesses casos. A doença de Whipple pode apresentar recidiva se o tratamento for insuficiente, resultando em uma evolução muito mais grave da doença, especialmente se houver comprometimento do SNC.[85]Marumganti AR, Murphy TF. Whipple's disease: neurological relapse presenting as headache for two years. J Gen Intern Med. 2008 Dec;23(12):2131-3.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18784966?tool=bestpractice.com
[86]Garas G, Cheng WS, Abrugiato R, et al. Clinical relapse in Whipple's disease despite maintenance therapy. J Gastroenterol Hepatol. 2000 Oct;15(10):1223-6.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11106107?tool=bestpractice.com